器物を100年間大切にすると、それらに魂が宿り「付喪神」という神聖な存在になると信じられてきた日本。

しかし、付喪神は人間を脅かす存在だと突拍子もない噂が流れた江戸時代に、その噂を信じた人間たちは古道具を燃やしたり、執拗に破壊をして処分をしてしまった。
その結果、人間に恨みを抱いてしまった器物たちが怒りによって妖と化し、人間たちを蹂躙するという事件が起きる。

それを見て人間を護ろうと立ち上がった本当の付喪神たちと、人間に処分された付喪神たちによる戦争が発生。結果は前者の勝利となり、後者の付喪神たちは「つつも」と呼ばれるようになり、

人間に干渉しない世界での生活を余儀なくされた。

時は流れ、現代。
付喪神たちの戦争で各地に残った妖気がまだ作られて間もない器物たちに反応し、本来付喪神に

なるはずではなかった者たちも命を宿すようになった。しかし彼らは付喪神・つつもの両者に仲間だと受け入れてもらえず、「つくもならず」と呼ばれて差別の対象となり、その結果付喪神たちが暮らす世界の片隅で細々と暮らす他なかった。

そんな中、とある人間の高校生たちが付喪神たちの世界への入り口に踏み込んでしまう。そこで

つくもならずの2人組と偶然出会ってしまい、初めは衝突するもお互いの事情を知って和解。

仲良くなった人間とつくもならずたちだったが、彼らには様々な困難が立ちはだかるのだった。